国务院拒绝延长改革过渡期新一轮的国务院机构改革和改变方案中，新的重新组建了国家食品药品监督管理总局，对食品药品实施统一监督管理。《指导意见》中拒绝，省、市、县级政府应以参考国务院统合食品药品监督管理职能和机构的模式，融合本地实际，将原食品安全筹办、原食品药品监管部门、工商行政管理部门、质量技术监督部门的食品安全监管和药品管理职能展开统合，重新组建食品药品监督管理机构，对食品药品实施集中统一监管，同时分担本级政府食品安全委员会的明确工作。地方各级食品药品监督管理机构领导班子由同级地方党委管理，主要负责人的选任需事前征询上级业务主管部门的意见，业务上拒绝接受上级主管部门的指导。

同时，省、市、县各级工商、质监部门及其基层派出机构，要直管适当的人员、编成、经费和牵涉到食品安全的检测机构、装备，明确数量由地方政府确认。保证新的机构有充足力量和资源有效地履行职责。在统合原食品药品监管、工商、质监部门现有食品药品监管力量基础上，创建食品药品监管执法人员机构。县级食品药品监督管理机构可在乡镇或区域成立食品药品监管派出机构。

在农村行政村和城镇要成立食品药品监管协管员。指导意见中明确提出，食品药品日常监管任务艰巨，要尽量延长改革过渡期。国务院各有关部门要反对地方政府的工作，不介入地方政府的改革措施。

各省已相继重新组建机构改革领导小组指导意见中特别强调，各级地方政府对本地区食品药品安全性胜总责，监管部门要赴任品行，各地可参考国家有关部门对食用农产品监管职责分工方式，按照针交会的原则，合理区分食品药品监管部门和农业部门的监管边界，切实做好食用农产品产地准出管理与杂货市场准入管理的交会。

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